A Congregação das Irmãs de Nossa Senhora do Calvário foi fundada em 1833, pelo Padre Pierre Bonhomme, em Gramat, na França. A Congregação chegou ao Brasil em 1906 e, em 20 de abril de 1928, a Irmã Maria Cecília Leal Vilela funda o Lar Escola Nossa Senhora do Calvário, mantenedora do Colégio Madre Cecília, que foi fundado em 1965.
O Colégio iniciou seu projeto educacional com o Jardim de Infância e recebeu o nome de "Externato Madre Cecília" em homenagem à sua audaciosa fundadora.
O nome alterou em 1995 quando a escola já oferecia Educação Infantil e Ensino Fundamental, e a partir de 2000 passou a ter também Ensino Médio.